RNA pulldown試劑盒適用于研究哪些生物分子間的相互作用？
日期：2025-10-17 11:41:02
RNA pulldown試劑盒核心用于研究RNA與蛋白質的相互作用，同時也可拓展應用于RNA與RNA、RNA與DNA的相互作用研究，是解析RNA功能調控網絡的關鍵工具。
1、核心應用：RNA-蛋白質相互作用
這是RNA pulldown試劑盒最經典、最成熟的應用，主要用于鑒定與特定RNA結合的蛋白質。
研究對象：包括編碼RNA（如mRNA）和非編碼RNA（如lncRNA、circRNA、miRNA、rRNA、tRNA等）。
具體用途：
驗證已知RNA與目標蛋白質的結合關系，例如確認某lncRNA是否與特定轉錄因子結合。
篩選未知的RNA結合蛋白，通過pulldown捕獲結合蛋白后，結合質譜鑒定（如LC-MS/MS），發現新的相互作用蛋白。
分析不同條件下（如細胞處理、疾病狀態）RNA結合蛋白的變化，探究RNA調控功能的動態差異。
2、拓展應用一：RNA-RNA相互作用
通過對試劑盒的探針設計或實驗流程稍作調整，可用于研究兩種或多種RNA之間的結合關系。
實現原理：以目標RNA為“誘餌”（標記后固定在磁珠上），從樣本中捕獲能與其結合的“獵物”RNA，后續通過RT-PCR、qPCR或RNA測序（RNA-seq）鑒定結合的RNA。
適用場景：常用于研究lncRNA與mRNA的相互作用（如lncRNA通過結合mRNA調控其翻譯或穩定性），或lncRNA與miRNA的相互作用（如ceRNA機制中lncRNA作為“分子海綿”吸附miRNA）。
3、拓展應用二：RNA-DNA相互作用
部分RNA pulldown試劑盒可通過優化實驗方案，用于檢測RNA與DNA之間的相互作用，尤其適用于研究染色質相關的RNA與DNA結合。
實現原理：將目標RNA標記后與染色質提取物孵育，捕獲結合的DNA片段，后續通過PCR、qPCR或染色質免疫沉淀測序（ChIP-seq）的衍生技術（如ChIRP-seq、RAP-seq）分析結合的DNA區域。
適用場景：主要用于研究非編碼RNA（如lncRNA）與基因組DNA的相互作用，例如探究lncRNA如何通過結合特定DNA位點調控基因轉錄（如啟動子、增強子區域）。
