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Your Good Partner in Biology Research

RNA相關名詞

日期:2010-08-05 11:50:21


1.RNAi:

        近年來的研究表明,一些小的雙鏈RNA可以高效、特異的阻斷體內特定基因表達,促使mRNA降解,誘使細胞表現出特定基因缺失的表型,稱為RNA干擾(RNA interference,RNAi,也譯作RNA干預或者干涉)。它也是體內抵御外在感染的一種重要保護機制。

2.siRNA:

        siRNA(small interfering RNAs)是一種短片斷雙鏈RNA分子,能夠以同源互補序列的mRNA為靶目標降解特定的mRNA,這個過程就是RNA干擾途徑(RNA interference pathway)。

3.RISC:

        在RNAi效應階段,siRNA雙鏈結合一個核酶復合物從而形成所謂RNA誘導沉默復合物(RNA-induced silencing complex, or RISC)。激活RISC需要一個ATP依賴的將siRNA解雙鏈的過程。激活的RISC通過堿基配對定位到同源mRNA轉錄本上,并在距離siRNA3端12個堿基的位置切割mRNA(3, 18, 27, 29)。盡管切割的精確機制現在還是未知,研究表明每個RISC都包含一個siRNA和一個不同于Dicer的RNA酶。

4.Dicer:

        Dicer的酶,是RNaseIII家族中特異識別雙鏈RNA的一員,能以一種ATP依賴的方式逐步(processive)切割由外源導入或者由轉基因、病毒感染等各種方式引入的雙鏈RNA,切割將RNA降解為19―21bp的雙鏈RNAs(siRNAs),每個片斷的3端都有2個堿基突出(27, 28)。

5.PTGS:

        Post-transcriptional Gene Silencing (PTGS) 部分的植物中的基因沉默是在轉錄后發生的,稱為post-transcriptional gene silencing。它是相對于部分植物中發生的轉錄階段的基因沉默(PGS)而言的。

6.基因沉默:

        研究結果發現有大量的轉基因植株不能正常表達,通常這并不是由于轉基因的缺失或突變引起的,而是基因失活的結果.這種失活的現象稱為基因沉默。

7.RNA transfection:

 即RNA轉染。

8.Sense RNA:

 正義RNA。

9.Antisense RNA:

 反義RNA。

10.19+2+2 nt siRNA:

        在細胞中雙鏈RNA一般都被切割成21-23小片段,這樣的RNA片段能達到更好的RNAi作用。人工合成的siRNA也是依據這個原理,所合成的RNA就是19nt的堿基序列再加上兩端的識別序列如-GG,-TT等。

11.BLAST:

        Basic Local Alignment Search Tool,基本的基于局部對準的搜索工具;一種快速查找與給定序列具有連續相同片斷的序列的技術。

12.Entrez:

        美國國家生物技術信息中心所提供的在線資源檢索器。該資源將GenBank序列與其原始文獻出處鏈接在一起。

13.NCBI:

        美國國立生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information),為美國國家醫學圖書館(NLM)和國家健康協會(NIH)下屬部門之一,1988年設立。主要提供生物醫學領域的信息學服務,如世界三大核酸數據庫之一的GenBank數據庫,PubMed醫學文獻檢索數據庫等。

14.GenBank:

       GenBank 是 NIH 的基因序列數據庫,是所有公開的DNA序列的集合 ( Nucleic Acids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7). 截至1998年12月,GenBank大約收集了 2,162,000,000 個堿基、3,044,000 個序列。

15.DUST:

        A program for filtering low complexity regions from nucleic acid sequences。

16.Ribosomal RNA:

        核糖體RNA,簡寫為rRNA。是一組存在于核糖體中的RNA分子。

17.UniGene:

        美國國家生物技術信息中心提供的公用數據庫,該數據庫將GenBank中屬于同一條基因的所有片斷拼接成完整的基因進行收錄。